Столкнулся с проблемой на моем VDS. Время отличалось на час от моего.

Оказалось достаточно просто установить патч, для перехода на вечно зимнее время. Подключился по SSH к серверу с правами root и выполнил две команды.

CentOS 5 на Ubuntu тоже сработало
wget https://people.centos.org/hughesjr/tzdata-2014g-1.el5/i386/RPMS/tzdata-2014g-1.el5.i386.rpm
rpm -Uvh tzdata-2014g-1.el5.i386.rpm

Также нужно проверить Настройки сервера -> Параметры сервера параметр Часовой пояс должен быть Europe/Moscow.

Для CentOS 6 команда другая.
yum install tzdata

Пожалуй еще немного напишу теории по работе Времени в Linux

1. date – показывает текущую дату в системе.
2. date MMDDhhmmCCYY.ss – поменять формат вывода.
3. /usr/share/zoneinfo/ – тут находятся все возможные зоны для вашей ОС.
Т.е если у вас москва то вам нужно /usr/share/zoneinfo/Europe/Moscow
4. ln -sf /usr/share/zoneinfo/Europe/Moscow /etc/localtime – устанавливаем зону Москва для сервера.
5. yum install ntp – установка ntpd для синхронизации времени. (не забудьте откорректировать /etc/sysconfig/ntpd и после запустить /etc/init.d/ntpd start)
6. hwclock –systohc –utc – сменим часы в Bios