Столкнулся я с этим траблом после переноса форума на новый хостинг сервер.  Проблема с кодировкой была только при отображении тем и сообщений. Русские слова из шаблона отображались нормально и стало ясно, что проблема в кодировке базы данных.

В PhpMyAdmin видно что кодировки (типа) одинаковые. В чем проблема не ясно. Решение найдено очень веселое.
В index.php надо заменить

// Connect to the MySQL database.
if (empty($db_persist))
$db_connection = @mysql_connect($db_server, $db_user, $db_passwd);
else
$db_connection = @mysql_pconnect($db_server, $db_user, $db_passwd);

// Connect to the MySQL database. if (empty($db_persist)) { $db_connection = @mysql_connect($db_server, $db_user, $db_passwd); mysql_query ("set character_set_client='cp1251'"); mysql_query ("set character_set_results='cp1251'"); mysql_query ("set collation_connection='cp1251_general_ci'"); } else { $db_connection = @mysql_pconnect($db_server, $db_user, $db_passwd); mysql_query ("set character_set_client='cp1251'"); mysql_query ("set character_set_results='cp1251'"); mysql_query ("set collation_connection='cp1251_general_ci'");
}

После этого сообщения начали отображаться в правильной кодировке.